その後寛正年間(1460 - 1466 年)の火災で伽藍を失い、再興されたものの、天正元年(1573年) には織田信長と争った足利義昭に加勢したため焼き討ちされる。
現存する本堂は江戸時代後期の文化11 年(1814 年)に再建された。